La Universidad tuvo su origen en la Real y Pontificia Universidad de México, creada el 21 de septiembre de 1551 por Real Cédula del rey Carlos I, de España, y mediante bula del papa Clemente VII, a imagen y semejanza de la Universidad de Salamanca, una de las más emblemáticas de Europa; y con la finalidad de crear cuadros profesionales que sirvieran a afianzar y divulgar la ideología del Virreinato en la Nueva España.
En la provincia o interior de la República, durante la Colonia, existían los institutos de ciencias y artes, y colegios de educación superior como el de San Nicolás en Michoacán, donde Hidalgo fue maestro de Morelos, y que ahora es la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, en Morelia; y destacando el Instituto de Ciencias y Artes, de Oaxaca, donde estudió Benito Juárez; y que con la Reforma, empezaron a convertirse en universidades, como el Instituto Juárez, que hoy es Universidad Juárez del Estado de Durango.
En 1833, el Presidente Valentín Gómez Farías, clausuró la Universidad de México, por ser un bastión clerical que estorbaba al progreso intelectual y cultural; restableciéndose con los gobiernos liberales encabezados por Juárez; hasta llegar al Porfiriato, en que el maestro Justo Sierra, funda la Universidad Nacional de México; la que después de que en Córdova, Argentina, y en San Luis Potosí, México, la habían puesto de ejemplo, y después de la lucha estudiantil, obtuvo su autonomía decretada por el Presidente Emilio Portes Gil, el 26 de julio de 1929.
En 1934, cuando en el artículo 3° Constitucional, se implantó la educación socialista para las escuelas primarias; se pretendió llevarla a la reciente UNAM, por Vicente Lombardo Toledano y otros intelectuales progresistas; que se vieron frenados por su maestro Antonio Caso, quien vino decidiendo que el Rector fuera Manuel Gómez Morín.
Desde entonces la UNAM fue dirigida por rectores proclives al conservadurismo con las extraordinarias excepciones de rectores progresistas como Nabor Carrillo Flores, Ignacio Chávez, quien fue destituido por Gustavo Díaz Ordaz; Javier Barros Sierra, quien lo enfrentó en el 68; Pablo González Casanova, y Juan Ramón de la Fuente, quien colocó a la UNAM, entre las mejores universidades del mundo.
A 96 años la Universidad ha hecho el mejor uso posible de su autonomía, manejando escrupulosamente el presupuesto público y elevando su nivel académico.
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