Una cuestión que el modelo curricular de la Nueva Escuela Mexicana ha dejado al descubierto y de urgente necesidad de atender, es el referido a replantear las formas de organización escolar que tradicionalmente se han llevado a cabo y que se caracterizan por el sentido de cumplimiento administrativo. Este modelo esta agotado y no proporciona los elementos necesarios para pensar en la transformación de las escuelas con vínculos más estrechos al enfoque democrático, humanista, común e inclusivo que se impulsa actualmente. Se requiere entonces repensar el modelo de gestión y organización escolar anclado en prácticas verticalistas y administrativas para transitar hacia formas más horizontales, colectivas y participativas. Sentar estas bases es lo que permitiría pensar en comunidades de aprendizaje, organizaciones que aprenden, escuelas inteligenteso algún otro modelo que interpele y transforme la cultura organizacional dominante.
Los directivos y docentes deben movilizar su saber y sus esquemas de acción en el sentido de cambio e innovación. Reconocer sus capacidades para articular pensamiento y acción, saber y saber-hacer, teoría y práctica, son fundamentales para enfrentar los desafíos que les propone el cambio paradigmático de la NEM. Reflexionar las tradiciones administrativas que han impedido el desarrollo de la individualidad y la colaboración, y por consiguiente han obstaculizado el surgimiento de la innovación pedagógica y en la gestión.
Pensar en el cambio organizacional implica colocar la colectividad, colaboración y participación de maestras y maestros como dispositivos de reflexión-acción. Tendrían un mayor protagonismo y cercanía con las demandas sociales, políticas y educativas.Estarían en condición de romper con la rigidez de estructuras administrativas que proponen actividades sin sentido y sólo para el mantenimiento del statu quo organizacional.Contribuirían a construir una escuelamás pertinente en su funcionamiento y misión para dar respuesta a los desafíos que le plantea su entorno social. Colocarían al centro la reflexión colectiva, el sentido político-educativo de la escuela y sus implicaciones en el aprendizaje.En un contexto organizacional así, es como se alimenta la capacidad de autonomía. Esto es lo que constituye el acicate para transformar la organización escolar.