Uno de los establecimientos de educación de más prestigio en México a lo largo del siglo XIX —y el que tuvo sin duda mayor impacto en el país— fue el Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca. Por sus aulas pasaron los hombres que formaron la generación oaxaqueña del 57: Benito Juárez, Porfirio Díaz, Marcos Pérez, Ignacio Mejía, Matías Romero, Justo Benítez, Ignacio Mariscal… seguidos más tarde por Emilio Rabasa, Rosendo Pineda, Rafael Pimentel, Rafael Reyes Spíndola. Todos estudiaron en el instituto, que en 1955 se transformó en la Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca. La universidad celebra estos días los 200 años de su fundación.
El Instituto de Ciencias y Artes fue creado por un decreto votado el 26 de agosto de 1826 por la legislatura de Oaxaca, que decía así: “Se establecerá en la capital del estado una casa de enseñanza pública, que se denominará Instituto de Ciencias y Artes” (artículo 1º), “en este instituto se dará gratuitamente la enseñanza en idioma vulgar” (artículo 2º) y “la enseñanza será diaria, sin más interrupción que la de los días festivos, religiosos y nacionales” (artículo 3º). El instituto abrió sus puertas en la calle de San Nicolás, en lo que fuera la residencia del filántropo Manuel Fernández Fiallo. Ahí asistieron a clase sus primeros alumnos, hasta que en 1833 ofreció uno de sus claustros el convento de San Pablo, dedicado a la conversión de los indios y al estudio del zapoteco, el mixteco y el náhuatl desde el siglo XVI. Al comenzar el siglo XVII fue reedificado por fray Francisco de Burgoa, luego de sufrir un terremoto que lo destruyó, y al empezar el siglo XVIII fue concluido al fin, con la bendición de la capilla del Rosario. Para financiar esos gastos, los frailes tuvieron que vender los terrenos de la huerta y el atrio, por lo que el convento terminó escondido al interior de la manzana, rodeado por casas de habitación. Estaba localizado al este de la Plaza de Armas, en lo que es hoy el Centro Cultural San Pablo.
El director del instituto era nombrado por el gobernador del estado, a partir de una terna propuesta por el legislativo. Sus directores fueron todos al principio sacerdotes: el fraile Francisco Aparicio (prior del convento de Santo Domingo, amigo de Morelos), el prebendado Florencio del Castillo (líder de la independencia de Costa Rica), el canónigo José Juan Canseco (diputado en el Congreso General) y el doctor Francisco García Cantarines (obispo de Hyphen, favorable a la separación de la Iglesia y el Estado). Juárez recordó sus años ahí en sus Apuntes para mis hijos: “Llamaban al instituto casa de prostitución y a los catedráticos y discípulos, herejes y libertinos. Los padres de familia rehusaban mandar a sus hijos a aquel establecimiento y los pocos alumnos que concurríamos a las cátedras éramos mal vistos y excomulgados por la inmensa mayoría ignorante y fanática de aquella desgraciada sociedad”. Pero el instituto no era anticlerical en esos años, como dice Juárez. Tampoco padecía el acoso de la Iglesia que, por el contrario, había ayudado a fundar el colegio para ejercer influencia en la educación no religiosa de Oaxaca. Los vinagres, precursores de los liberales, dominaron la legislatura que fundó la institución, es cierto, aunque la mitad de esa legislatura estaba formada por clérigos —“eclesiásticos muy notables por su instrucción y por sus virtudes”, en palabras de Manuel Dublán, director del instituto en tiempos de Maximiliano. Varios de sus profesores, hasta la Reforma, eran clérigos, como el presbítero Francisco Apodaca y el fraile Bernardino Carbajal, amigo de don Benito.