Una de las más grandes problemáticas que se tienen dentro de los centros penitenciarios son las acciones en donde los internos realizan actividades propias de la autoridad, es decir condiciones de autogobierno / cogobierno.
Dichas actividades ilícitas están prohibidas, pues no se tiene el poder institucional a pesar de hacer funciones propias de un ejecutivo, sin embargo, se realizan desde adentro de los centros penitenciarios en varios puntos de la República Mexicana vinculadas principalmente con el crimen organizado y generando ganancias millonarias.
En estas acciones de Autogobierno, los reos tienen a su mando la comida, los dormitorios, las visitas conyugales, así como el acceso y el control de drogas. De ello Milenio dio cuenta con el caso, que trascendió a nivel nacional e internacional, del penal de Puente Grande.
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Solo en el año 2016, La Comisión Nacional de Derechos Humanos, detectó 66 de los centros penitenciarios supervisados para el Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria, en donde los reos realizan o participan en actividades propias de la autoridad.
Estados como Baja California Sur, Campeche, Chihuahua, Colima, Durango, Nayarit y Morelos cuentan con un centro en donde se practican estas acciones.
Por otro lado, los estados que cuentan con un mayor número de centros penitenciarios en donde se practica el Autogobierno son Chiapas, Coahuila, El Distrito Federal, Guerrero, Hidalgo, Estado de México, Michoacán, Nuevo León, Sinaloa, Sonora y Tamaulipas, con al menos tres centros detectados y un máximo de cinco, siendo el Estado de México con mayor número (cinco).
No solo en los Ceresos se da este tipo de acciones, pues también en cárceles municipales del país se tiene registró de autogobierno como lo es en Hidalgo, Jalisco, Nayarit, Quintana Roo y Tabasco, cada estado con una cárcel en algún municipio a excepción de Nayarit pues cuenta con cuatro cárceles en todo el estado donde se practican estas actividades.
