John McCain es uno de los más firmes apoyos de Israel en el Congreso. Ha apoyado resueltamente la Guerra de Iraq de 2003, al igual que la Guerra del Golfo en 1991, y la mayoría de las decisiones del presidente George W. Bush en materia de política extranjera. Al mismo tiempo que censuró la tortura de prisioneros. En 2005 el senador McCain propuso una enmienda -la Enmienda McCain- a un anteproyecto de Defensa en un intento de encontrar un modo de llenar el vacío legal en las leyes antitortura ya existentes.

Senador John McCainGanó reputación de ser un hombre que no se conforma con la línea establecida dentro de su partido. Es un firme opositor de la industria del tabaco y de la influencia del dinero en las campañas electorales, algo que le ha servido para ganar popularidad entre los medios de comunicación. Encabezó la lucha para reformar el uso de fondos en las campañas políticas a través del acta Campaign Finance Reform -también conocido como "Ley McCain-Feingold"- con el Senador demócrata Russ Feingold.

En temas como el matrimonio homosexual y la inmigración ilegal, no tiene una postura conservadora: aunque está en contra del matrimonio entre personas del mismo sexo, dice no tener problemas con la unión civil y está trabajando en un proyecto para entregar paulatinamente la ciudadanía a los trabajadores ilegales que ya están en EEUU.