El 19 de febrero de 1913, al renunciar a sus investiduras, tanto Francisco Madero como José María Pino Suárez estaban en el entendido de que sus verdugos los iban a dejar salir de México. El acorazado Cuba los esperaba ya con ese fin en el puerto de Veracruz. Después de su renuncia, sin embargo, Victoriano Huerta consideró que sería mejor mantenerlos en la cárcel para prevenir un levantamiento. Así transcurrieron las últimas horas de su vida, en una de las celdas de la intendencia del Palacio de Gobierno. Con ellos estaba también el general Felipe Ángeles, acusado de desacatar las órdenes de sus superiores durante la rebelión de La Ciudadela. La suerte de los prisioneros fue decidida por la tarde del 22 de febrero. Después de comer con Huerta, el general Blanquet hizo llamar al mayor Francisco Cárdenas, su paisano, un oficial que conoció cuando lo tuvo bajo sus órdenes en la ciudad de Toluca. El mayor Cárdenas, originario de Jiquilpan, Michoacán, había mostrado su valor en las filas de los Rurales del Estado de México. Apenas unos meses antes, con un puñado de reclutas, defendió sus posiciones contra los zapatistas en Ixtapan de la Sal. A partir de entonces tenía por misión el mando de los hombres destacados en el valle del Lerma para proteger las tierras de San Nicolás Peralta, la hacienda de Ignacio de la Torre, el yerno de Porfirio Díaz.

Cárdenas era moreno, alto, robusto, guapo, con los pómulos acariciados por las puntas de su bigote. Aquella tarde llevaba, como siempre, su traje de charro guarnecido con aderezos de plata. Con él, en las oficinas de Blanquet, estaba también Cecilio Ocón, autor del asesinato más atroz de la Decena Trágica: el de Gustavo Madero. Los tres concertaron entonces los detalles de su confabulación para terminar, esa noche, con los prisioneros. Acordaron conseguir dos autos para transportarlos hacia la penitenciaría de Lecumberri. Cárdenas localizó con ese fin a Rafael Pimienta, un cabo de rurales que combatió con él en el Estado de México, para salir después en busca de Ignacio de la Torre. Ocón salió a su vez por otra dirección hacia la casa de su cuñado Alberto Morphy.

A las cinco de la tarde del 22 de febrero, el mayor Francisco Cárdenas tocó la puerta de la casa del Caballito, en el número 1 de la Plaza de la Reforma, para pedir hablar con Ignacio de la Torre. Con él estaba también el cabo Rafael Pimienta. Nacho pasó con ellos a la biblioteca y cerró la puerta con el pestillo de metal para que no los molestaran. El mayor Cárdenas, que permaneció de pie, le comentó que venía por instrucciones del Presidente para solicitar un automóvil de su propiedad con el fin de conducir a la prisión a don Francisco Madero. Nacho contestó que no contaba con el vehículo que le solicitaba Huerta, pero que con gusto llamaría por teléfono para requerir un auto de alquiler en el sitio de la Alameda. Así lo hizo. A los pocos minutos, sus sirvientes le notificaron la llegada del automóvil a la Plaza de la Reforma. Era un Packard color negro que conducía, como pudo ver, uno de los choferes del sitio, el señor Ricardo Hoyos. Cárdenas y Pimienta salieron en el auto con dirección de la Plaza de Armas, donde permanecieron por casi seis horas en uno de los patios del Palacio. A las once de la noche, por fin, entraron con sus hombres a la celda de la intendencia. Allí vieron a los prisioneros dormitar sobre sus catres de campaña, cubiertos por unas frazadas de vellón. Eran Felipe Ángeles, José María Pino Suárez y Francisco Madero. Después de despertarlos, la guardia les anunció que los trasladarían a la penitenciaría. Ángeles también se levantó. “No, general, usted se queda aquí”, le dijo Cárdenas. “Es la orden que tenemos”. En la salida del Palacio los esperaban dos autos: el Protos ofrecido por Alberto Morphy y el Packard alquilado por Ignacio de la Torre. En el primero se subió Cárdenas con Francisco Madero y en el segundo Pimienta con José María Pino Suárez. Los automóviles avanzaron por un costado del Palacio, a lo largo de la calle de la Moneda. Pasaron al lado del templo de La Santísima, entre las tinieblas, para salir después por el este de la ciudad hacia la penitenciaría de Lecumberri.

Los asesinatos no fueron jamás esclarecidos por la prensa. Al parecer, Cecilio Ocón tenía que simular un ataque con sus hombres a la guardia del convoy en el momento de llegar a Lecumberri. La guardia, entonces, cercada por sus fuerzas, habría de disparar contra los prisioneros. Los asesinatos, en otras palabras, iban a ser una aplicación de la ley fuga. Pero Ocón no llegó con sus hombres a la cita, de modo que los autos del convoy tuvieron que pasar de largo por la fachada de la penitenciaría. El mayor Cárdenas, furioso, le ordenó entonces a Madero que bajara del vehículo y, mientras abría la portezuela, le disparó con su revólver a la cabeza. Pino Suárez intentó correr, pero Pimienta le tiró por detrás en el momento de dar los primeros pasos. Los dos cuerpos fueron enterrados en un costado de Lecumberri. Eran alrededor de las doce de la noche cuando Cárdenas rindió por escrito su parte de los sucesos al comandante de la plaza. Poco después, a las doce cuarenta, Huerta reunió con él a los miembros de su gabinete para darles cuenta de los hechos. Al día siguiente, los diarios de la capital dieron a conocer la noticia en los términos más burdos. “Los señores Madero y Pino Suárez resultaron muertos al ser llevados a la penitenciaría”, dijo El Imparcial. “Cuando se les trasladaba a esa prisión, en dos automóviles, un grupo de hombres armados pretendió liberarlos, resultando muertos, de resultas del tiroteo entablado entre asaltantes y escolta, dos de los primeros y los dos presos”.